幽门螺旋杆菌感染是慢性非萎缩性胃炎最主要的病因，二者的关系符合Koch提出的确定病原体为感染性疾病病因的4项基本要求，即该病原体存在于该病的患者中，病原体的分布与体内病变分布一致，清除病原体后疾病可好转，在动物模型中该病原体可诱发与人相似的疾病。研究表明，80%～95%的慢性活动性胃炎患者胃黏膜中有幽门螺旋杆菌幽门螺旋杆菌感染，5%～20%的幽门螺旋杆菌阴性率反映了慢性胃炎病因的多样性。幽门螺旋杆菌相关胃炎者，幽门螺旋杆菌胃内分布与炎症分布一致，根除幽门螺旋杆菌可使胃黏膜炎症消退。一般中性粒细胞消退较快，但淋巴细胞、浆细胞消退需要较长时间。在志愿者和动物模型中的研究已证实幽门螺旋杆菌感染可引起胃炎。

幽门螺旋杆菌具有鞭毛，能在胃内穿过黏液层移向胃黏膜，其所分泌的黏附素能使其贴紧上皮细胞，幽门螺旋杆菌释放尿素酶可分解尿素产生NH3，从而保持细菌周围中性环境。幽门螺旋杆菌的这些特点有利于使其在胃黏膜表面定植，通过产氨作用、分泌空泡毒素A（VacA）等物质而引起细胞损害。其细胞毒索相关基因（CagA）蛋白能引起强烈的炎症反应，其菌体胞壁还可作为抗原诱导免疫反应，这些因素的长期存在导致胃黏膜的慢性炎症。